Indonezija je previđeno rodno mjesto profesionalne paleoantropologije. Sredinom 19. stoljeća znanstvenici su prvi put otkrili izumrlu hominidnu vrstu: neandertalce. Zapravo, točnije je reći da su fosile neandertalaca pronašli laici koji su ih potom priveli pažnji poznatih anatomista. Tek 1890. godine, istraživač je krenuo u polje u potrazi za kostima hominida. Eugene Dubois, nizozemski liječnik, otputovao je u Indoneziju, tada nizozemsku koloniju, u potrazi za ljudskim precima. Godine 1891. otkrio je fosile Homo erectus i učinio lov na hominide pravilno nastojanje - te je Aziju odredio za paleoantropologe.
Trinil: Duboisova otkrića dogodila su se blizu sela Trinil u središnjoj Javi. Njegovo prvo otkriće bio je lubanjarski pravac, za koji se danas zna da je prije 700 000 do 1 milijun godina. Lubanja je izgledala ljudsko, ali imala je guste kosti, teške obrve i nisko koso čelo. Godinu dana kasnije, 1892., Dubois je oporavio gotovo kompletnu bedrenu kost koja je izgledala gotovo moderno. Odlučio je da kosti pripadaju izumrloj vrsti koja je bila "nestala veza" majmuna i ljudi. Nazvao je vrstu Pithecanthropus erectus ("čovjek uspravnog majmuna"). Nekad se naziva Java man, a danas se vrsta naziva Homo erectus .
Ngandong: Nizozemski istraživači otkrili su više fosila H. erectus, koji predstavljaju 15 jedinki, na Javi 1930-ih u blizini sela Ngandong na rijeci Solo na Javi. Donedavno su paleoantropolozi smatrali da kosti Ngandong predstavljaju vrlo nedavnu populaciju H. erectusa . Mislili su da su stari tek 30.000 do 50.000 godina, ovi hominidi mogli su biti suvremenici neandertalaca i modernih ljudi koji žive u Europi i zapadnoj Aziji. No novije analize terenskih istraživanja i upoznavanja pokazuju kako su Ngandong hominidi živjeli mnogo ranije, negdje između 143 000 i 546 000 godina.
Mojokerto: 1936. asistent koji je radio s nizozemskim Geološkim zavodom otkrio je djelomičnu lubanju kapu dvo- do trogodišnjeg djeteta na istoku Jave. Član tima Ralph von Koenigswald, njemački paleontolog, prepoznao je lubanju kao pripadnicu ranog hominida, H. erectus . Iako se posljednjih godina, a time i starost fosila, dovodi u pitanje posljednja godina, znanstvenici uglavnom smatraju da lubanja Mojokerto datira prije oko 1, 8 milijuna godina. Zbog toga je jedna od najstarijih kostiju hominida ikada pronađena izvan Afrike.
Sangiran: Između 1937. i 1941., von Koenigswald je na lokalitetu Sangirana u središnjoj Javi pronašao dodatne fosile H. erectus . Nalazi su uključivali tri djelomične lubanje, djelomične čeljusti i desetke izoliranih zuba. Ovi fosili, datirani prije više od milijun godina, pomogli su potvrditi valjanost statusa vrste H. erectus . Turisti danas mogu posjetiti nalazište fosila u kojem se nalaze trenutna iskopavanja kao i muzej.
Flores: Najnovije otkriće hominida u Indoneziji bio je veliki šok. 2004. godine, skupina istraživača iz Indonezije i Australije objavila je da su pronašli neobičnu kolekciju fosila na indonezijskom otoku Flores. Kosti su pripadale hominidu s malim mozgom koji je bio visok manje od četiri metra i težio je manje od 70 kilograma - ipak neki su fosili stari tek 17.000 godina. Istraživači su zaključili da "Hobit" pripada novoj vrsti, Homo floresiensis . Nakon što je predak vrste, možda H. erectus, stigao na otok, hominid se razvio da bi bio manji kao prilagodba za život na malom otoku. Kritičari, međutim, kažu da je Hobit zapravo moderan čovjek s nekakvim poremećajem rasta.
