Većina ljudi je čula za Projekt ljudskog genoma - ogromni znanstveni projekt sekvenciranja ljudske DNK, koji je kulminirao 2001. objavljivanjem prvog ljudskog genetskog koda. Ali jeste li čuli za atlas ljudskih stanica?
U taj napor uključeno je više od 480 znanstvenika koji rade na 185 projekata kako bi katalogizirali procijenjenih 37, 2 biliona stanica u ljudskom tijelu sekvenciranjem najmanje 10 milijardi stanica svih tkiva, organa i sustava. Proučavajući genetiku svake stanice, istraživači se nadaju da će bolje razumjeti što ih čini krpeljima.
Ovaj višegodišnji napor je u tijeku. Kako izvještava Kristen V. Brown iz Gizmoda, istraživači su nedavno objavili prvu veliku grupu podataka, u kojoj je detaljno opisano 530.000 stanica imunološkog sustava.
Sastavili istraživači s MIT-ovog širokog instituta, informacije dolaze iz ljudske krvi iz pupkovine i stanica koštane srži odraslih osoba. Sekvenciranje tisuća pojedinih stanica, međutim, nije lak zadatak. Prema priopćenju za javnost, istraživači su koristili nove računske metode za brzo prepoznavanje tipova stanica u podacima o sekvenciranju, kao i za identificiranje genetskog otiska za različite stanice. Oni su također proučavali stanični razvoj.
Ti novi alati omogućili su znanstvenicima da se bave sa 224.000 stanica koštane srži prikupljenih od četiri odrasla pacijenta - oko 100 puta više stanica od većine pokusa u sekvenciranju stanica. Tim je sekvencionirao sličan broj stanica iz pupčane vrpce.
"Prikupljanje i obrada pola milijuna imunoloških stanica bio je herkulovski podvig, koji je uključivao čvrsto koordiniran timski rad u mnogim područjima stručnosti", rekla je u tim izdanju članica tima Instituta Broadleet Danielle Dionne.
Ovo posljednje izdanje podataka pridružuje se dva prethodna skupa iz Atlasa humanih ćelija: uzorak od 2.000 ćelija iz ljudske slezene i 6.639 stanica uzorak iz mišjeg limfnog čvora. Ovaj novi skup podataka od pola milijuna ćelija je veći i uskoro će biti pomračen još jednim nizom podataka od 1, 08 milijuna kapi krvi, koštane srži i bijelih krvnih zrnaca koje će Broad Institute uskoro objaviti. Još 250 000 ćelija ljudskog razvoja također je sekvencirano od strane Atlasovog suradnika, ali još uvijek nisu objavljene.
Sve u svemu, podaci su čvrst prvi korak ka analizi 10 milijardi stanica. Početni cilj Konzorcija je pripremiti prvi nacrt Atlasa koji sadrži 30 do 100 milijuna ćelija.
Kao što Steve Connor iz MIT Technology Review objašnjava, Cell Atlas će postići tri glavne stvari. Prvo, stvorit će super točnu 3D kartu mjesta na kojem različite vrste stanica borave u ljudskom tijelu. Također će otkriti koji su geni aktivni unutar svake stanice što će pomoći istraživačima da razumiju kako se tkiva razvijaju i djeluju na genetskoj razini. I treće, istraživanje će vjerojatno otkriti nove vrste tkiva.
Do sada su istraživači identificirali oko 300 različitih vrsta stanica u ljudskom tijelu, uključujući stvari poput masnih stanica i neurona. No, posljednjih godina, nove molekularne analize otkrile su tipove koji su istraživači prethodno propustili, uključujući dvije nove vrste stanica mrežnice i novu imunološku stanicu koja proizvodi imunološki supresorni steroid.
Vjerojatno će Atlas otkriti još mnogo novih tipova tkiva. "Vidjet ćemo neke stvari koje očekujemo, stvari za koje znamo da postoje, ali siguran sam da će biti potpuno novih stvari", kaže Mike Stubbington, iz Sanger instituta u Velikoj Britaniji, koji je glavni suradnik na projektu. "Mislim da će biti iznenađenja."
Krajnji cilj Atlasa otvorenog koda je ubrzati otkrića medicinskih istraživača i biologa širom svijeta, koji će te podatke upotrijebiti za proučavanje razvoja stanica i stvaranje nove ere precizne medicine s visoko ciljanim lijekovima i tretmanima.
