Nakon što je u studenom 1805. stigao do Tihog oceana, korpus je osnovao Fort Clatsop, blizu današnje Astorije, Oregon, kao zimske četvrti. Zatim su se, 23. ožujka 1806., umorni istraživači uputili kući i St. Louisu. Doveli su svoje konje od Indijanaca Nez Percéa i prešli planine Bitterroot. Ekspedicija se razdvojila na dvije stranke u blizini današnjeg Lola u Idahu kako bi detaljnije istražili zemlju na povratku; grupe bi bile odvojene više od mjesec dana. Za to vrijeme Lewisovu četu napali su ratnici Blackfoot, od kojih su dva poginula u borbama, jedina krvoprolića ekspedicije. Ubrzo nakon toga, polu-slijepi privatnik Pierre Cruzatte zamijetio je Lewisa za lakta i upucao ga u bedro. U vrijeme kad se Lewis ponovno spojio s Clarkom, noga mu je umalo iskrivljena. Dosegnuvši St. Louis, 23. rujna 1806., Clark je primijetio: "U selu su nas dočekali i žustro su primili." Put korpusa na 8.000 milja je završen.
Sgt. John Ordway
Narednik Ordway, jedan od originalnih članova korpusa, pomogao je u organizaciji prvog zimskog kampa u blizini St. Louisa. Poput ostalih narednika, i Ordway je vodio dnevnik, ali on je jedini bilježio dnevni unos. 21. rujna 1806., kad je korpus stigao do Svetog Karla (u današnjoj Missouri), Ordway je napisao: "Večeras smo stigli u St. Charles ispalio tri kruga i kampirao na donjem kraju grada. Town se okupio na obali i teško je mogao vjerovati da smo to bili oni jer su čuli i vjerovali da smo svi mrtvi i zaboravljeni. "
Te jeseni Ordway je također pratio Lewisa i delegaciju Mandana i Osage Indijanaca u Washingtonu, kako bi razgovarali o budućoj američkoj trgovini s tim plemenima. Kasnije je svoj časopis prodao Lewisu i Clarku za 300 dolara, a preselio se u teritorij Missouri, gdje se oženio i započeo obrađivati zemlju u blizini New Madrida. U prosincu 1811. područje su pogodila tri velika potresa; umrlo između 500 i 1.000 ljudi. U trenutku kada je pogodio peti potres, 7. veljače 1812., jedva da je kuća ostala stajati, a New Madrid je postao grad duhova. O Ordwayu se nakon ovoga malo zna; učenjaci pretpostavljaju da bi mu zemljotres mogao biti beskoristan od zemljotresa i da je umro u siromaštvu.
Kapetan Meriwether Lewis
23. rujna 1806. Lewis je napisao predsjedniku Jeffersonu: "Sa zadovoljstvom vam najavljujem siguran dolazak sebe i stranke .... U skladu s vašim zapovijedima kaznili smo kontinent od Sjeverne Amerike do Tihog okeana. i dovoljno istražio unutrašnjost zemlje da s pouzdanjem potvrđujemo da smo otkrili najprimjereniju rutu koja doza postoji na cijelom kontinentu pomoću pomičnih ogranaka rijeka Missouri i Columbia. "
I Lewis i Clark bili su velikodušno nagrađeni za svoje usluge, a svaki je dobio velike parcele zemlje i dvostruku plaću. Predsjednik Jefferson imenovao je Lewisa za guvernera područja Gornja Louisiana u ožujku 1807; neobjašnjivo, Lewis je čekao godinu dana prije odlaska u St. Louis kako bi preuzeo svoje nove dužnosti. Kad je ondje dospio, zadužio se kupnjom zemlje i pripremanjem ekspedicijskih časopisa za objavljivanje. Predsjednik James Madison, koji je naslijedio Jeffersona, odbio ga je nadoknaditi novcem troškova koji je tražio da vrati delegaciju Mandan i Osage u njihovu domovinu, a ratni tajnik William Eustis nagovijestio je da će Lewis profitirati iz sredstava. U kolovozu 1809., uznemireni Lewis napisao je Eustisu: "Nikad nisam primio ni jedan novčani novac .... Obaviješten sam o tome da su protiv mene podignuta predstavništva - sve bih volio da istraga bude potpuna i pravedna." Krajem 1809. Lewis je napustio St. Louis za Washington, DC kako bi izbrisao svoje ime. Snažno depresivan, Lewis je pokušao samoubojstvo dvaput usput. Nakon što je 10. listopada stigao do kuće za puteve u Tennesseeju, 35-godišnji istraživač okončao je život pucajući u dva pištolja.
James Neelly, indijski agent nacije Chickasaw, odmah je napisao Thomasu Jeffersonu: "Sa izuzetnom boli moram vas obavijestiti o smrti Njegove ekselencije Meriwether Lewis, guvernera gornje Louisiane, koji je umro ujutro 11. trenutka i žao mi je što kažem samoubojstvo .... [Imao sam ga na tom mjestu dostojno pokopan koliko sam mogao - ako postoji mogućnost da njegovi prijatelji budu učinjeni na njegovom grobu, ja ću se držati njihovih uputstava. "
Nakon Lewisove smrti, administracija Madison pristala je platiti ostatak spornih računa.
Kapetan William Clark
Iako Clark nije dobio kapetansku proviziju kakvu je preporučio Lewis, Clarku su dodijeljena dva imenovanja: brigadni general milicije i nadređeni za poslove Indije za područje Gornje Louisiane. 1813. imenovan je guvernerom Missouri Teritorija, na mjestu koje je obnašao do 1820. Nakon Lewisove smrti, ekspedicijski časopisi poslani su Clarku, koji ih je predao uredniku Nicholasu Biddleu. Dnevnici su predstavljeni javnosti 1814., deset godina nakon što je korpus započeo epsko putovanje; njihova je objava izazvala malo uzbuđenja.
Clarkov biograf Landon Y. Jones napominje: "30 godina nakon ekspedicije William Clark svrstao se u vodećeg saveznog dužnosnika na Zapadu, točnijeg čovjeka šestorice predsjednika, od Jeffersona do Van Burena, koji mu je vjerovao da će zaštititi američke interese na teritoriju oštro osporavaju i Britanija i Španjolska. " Clark je utjelovio kontradikcije svoga vremena; dok je poticao vladu da prema Indijancima postupa pošteno, ugovori koje je sklopio prisilili su na preseljenje desetaka tisuća. Clark je umro u 68. godini, 1838. godine, u kući u sv. Louisu, svog prvorođenog sina, Meriwether Lewis Clark.
Sacagawea
Sedam godina nakon što su se spojili s Shoshoneom, Sacagawea i njezin suprug pojavili su se u Fort Manuelu, trgovačkom mjestu blizu današnjeg Bismarka u Sjevernoj Dakoti, gdje je Toussaint pronašao posao tumača s tvrtkom Missouri Fur Company. Novinar Henry Brackenridge napisao je da je Sacagawea bolesna "i čeznula je za ponovnim posjetom rodnoj zemlji". Nikad nije dobila priliku. 20. prosinca 1812. John Luttig, glavni činovnik tvrđave, u svoj je dnevnik zapisao da je Sacagawea "umrla od grozne groznice. Bila je dobra i najbolja žena u tvrđavi". Imala bi oko 25 godina. Iza sebe je ostavila dvoje biološke djece: sedmogodišnjeg Jeana Baptistea i četveromjesečnu Lisette.
Sljedeće godine Luttig, vjerojatno zastupajući Williama Clarka (za koga je radio), podnio je molbu Sudu siročadi u St. (Do tada, Toussaint se pretpostavljao mrtav, jer ga nisu vidjeli šest mjeseci.) Luttigovo je ime na koncu prekriženo peticijom i zamijenjeno onim Clarkom, koji je, barem, platio obrazovanje Baptiste. (Baptiste je kasnije otputovao u Europu, gdje je ostao šest godina. Po povratku u Sjedinjene Države radio je kao traper s Jimom Bridgerom i Kitom Carsonom.) Lisetteova sudbina, a nećak Sacagawea, nije poznata.
Jean Baptiste
Tijekom ekspedicije, William Clark je jako obožavao dijete Sacagawea, postao njegov skrbnik i kasnije financirao svoje obrazovanje u internatu u St. Louisu.
Poznate činjenice iz života Baptiste je malo. 1823. vojvoda Paul Wilhelm Friedrich Herzog iz Wurttemberga u Njemačkoj posjetio je trgovačko mjesto u današnjem gradu Kansas, gdje je upoznao tada 18-godišnjaka, koji je radio kao vodič i tumač. Njih dvoje putovali su Europom, gdje je Baptiste ostao šest godina. Rodio je dijete s njemačkom ženom, ali dijete, dječak, umro je nakon tri mjeseca, a Baptiste se vratio u Sjedinjene Države. Krenuo je prema Westu, na kraju radeći kao traper s Jimom Bridgerom i Kitom Carsonom.
Baptiste se nastanio u Kaliforniji, služeći kao alcalde ili magistrat u misiji San Luis Rey. 1866. pridružio se istraživačima zlata krećući prema teritoriju Montana. Na putu je razvio upalu pluća i ubrzo nakon toga, u dobi od 61 godine, u Oregonu blizu granice s Idahom umro je, nadživivši sve članove ekspedicije, osim Sgt. Patrick Gass.
York
Nakon završetka ekspedicije, Clark je putovao 1807. u St. Louis kako bi preuzeo dužnost glavnog indijskog agenta za gornje Louisiana, povezivši York sa sobom. Raskorak se stvorio između dvojice muškaraca: York je želio ostati u Kentuckyju, u blizini supruge, koju nije vidio gotovo pet godina. Molio je i Clarka za svoju slobodu - možda misleći na dvostruku plaću i 320 jutara koje su ostali muškarci dobili za svoje usluge u ekspediciji. Ti su zahtjevi pogodili Clarka kao samozadovoljnog koji dolazi od roba. Clark je na kraju dopustio Yorku da se 1808. godine vrati u Kentucky zbog kratkog posjeta. Ali Clark je napisao svom bratu Jonathanu: "Ako York pokuša pokušati pobjeći ili odbiti izvršiti svoju dužnost robova, želim ga poslati u New Orleans i prodati, ili ga unajmiti nekom ozbiljnom majstoru sve dok on ne pomisli bolje od takvog ponašanja. "
U pismu (sada u zbirci Jonathan Clark Papers — Temple Bodley Collection iz Filson Povijesnog društva u Louisvilleu) svom bratu od nekoliko mjeseci kasnije, Clark je napisao: „I ja sam želio učiniti dobro od njega - ali kako je i on dobio takve pojam o slobodi i njegovim službenim uslugama, da ne očekujem da će mi on opet biti od velike usluge; ne mislim s njim da su njegove usluge bile tako sjajne (ili bi moja situacija mogla dopustiti da ga oslobodim). "
York se vratio u St. Louis početkom 1809., Ali Clark ga je i dalje nepovoljno gledao. "On je ovdje, ali meni zaista malo služi", napisao je Clark Jonathanu. "[York je bezobrazan i Sulky. Dao sam mu ozbiljne muke drugi dan i on je mnogo popravio Sence."
Posljednje spominjanje Yorka u pismima Williama Clarka pojavljuje se u kolovozu 1809 .; Clark je bio toliko nezadovoljan s njim da je odlučio angažirati ga ili prodati. John O'Fallon, Clarkov nećak, napisao je 1811. godine: "Istekao je termin za koji je [York] angažiran g. Young jučer, ali vjerujem da bi bilo prihvatljivo da ga gospodin Fitzhugh ponovo angažira kod gospodina Mitchela koji živi oko sedam milja odavde .... pretpostavljam da je ravnodušno odjeven ako ga uopće Young ... "O'Fallon dalje primjećuje da se Yorkova žena preselila sa svojim gospodarom i ostatkom njegova domaćinstva u Mississippi; malo je vjerojatno da su se York i njegova supruga ponovno vidjeli. Deset godina nakon završetka ekspedicije, York je i dalje bio porobljen, radeći kao vagon za obitelj Clark.
1832. godine pisac Washington Irving intervjuirao je Clarka i pitao o Yorkovoj sudbini. Clark je odgovorio da je napokon oslobodio York i rekao, začuđujuće, da njegov bivši rob nije zadovoljan njegovom slobodom i pokušao se vratiti Clarku - umirući od kolere usput.
Ali je li? Godine 1832, trgovac krznom Zenas Leonard, posjećujući selo Crow u sjevernom središtu Wyominga, "pronašao je crnca, koji nas je obavijestio da je prvi put došao u ovu zemlju s Lewisom i Clarkom - s kojima se također vratio u državu Missouri, i nakon nekoliko godina ponovno se vratio s gospodinom Mackinneyjem, trgovcem na rijeci Missouri, i ostao je ovdje od tada - što je oko deset ili dvanaest godina. "
17. siječnja 2001., predsjednik Clinton posmrtno je promaknuo u York u čin počasnog narednika, redovne vojske.
