Povijesni zapisi upućuju na to da je Caravaggio imao, barem rečeno, živahnu narav - David Newsley David Willey piše da je talijanski slikar, rođen Michelangelo Merisi 1571. godine, jednom prilikom bacio tanjur konobaru koji je odbio istaknuti koju od artičoka služi prženi su na maslacu nego na ulju.
No, kako Alex Vicente izvještava za špansku novinu El País, istraživači dugo vjeruju da je Caravaggiovu preranu smrt u dobi od 38 godina prouzročio relativno ladan zdravstveni problem - naime, sunčanica je pogodila dok je oslabio sifilis. Novo istraživanje objavljeno u časopisu Infektivne bolesti Lancet, nudi drugačije prihvaćanje smrti talijanskog slikara, sugerirajući da je postao žrtva zaraze stafilom nastale tijekom borbe mačevima.
Daniela Filipe iz portugalskog dnevnika Público izvještava da je tim od sedam francuskih i talijanskih znanstvenika povezanih s mediteranskom sveučilišnom bolnicom u Marseilleu (IHU) analizirao zubnu pulpu punjenu krvnim žilama Caravaggio molara kombinacijom DNA otkrivanja i uzorkovanja proteina. Istraživači su tražili znakove sifilisa, malarije ili bruceloze - tri infekcije obično se navode kao potencijalni krivci iza umjetnikove smrti - ali nisu pronašli nijednu. Umjesto toga, kako Alex Berezow objašnjava za Američko vijeće za znanost i zdravlje, tim je zaključio da je Caravaggio umro od sepse, odnosno infekcije krvi, izazvane zlatnim stafilom.
Godine 1606., Caravaggio je nasilno ponašanje kulminirao dvobojem s romantičnim suparnikom Ranuccioom Tomassonijem. Umjetnik je probio bedrenu arteriju protivnika, prema Enciklopediji Brittanica, a Tomassoni je umro nedugo nakon toga. Osuđen u odsutnosti za ubojstvo, Caravaggio je pobjegao iz Rima, razdvajajući vrijeme između Napulja, Malte i Sicilije dok je stvarao revolucionarne slike kiaroscuro - koje su kontrast svjetlu i hladu za dramatični učinak - pokušao nadmudriti vlasti i, neočekivano, i dalje se nalazio upetljen u sukob,
Pojedinosti o posljednjim danima Caravaggia doista su rijetke za čovjeka koji je vodio tako nemiran život, ali većina se znanstvenika slaže da je slikar umro u Toskani tijekom srpnja 1610. godine.
Kako piše Nick Squires za Telegraph, tačno 400 godina kasnije, istraživači koji su iskopali groblje u toskanskom gradu Porto Ercole objavili su otkriće skupa kostiju za koje se govori da pripadaju Caravaggiou. Oslanjajući se na datiranje ugljikom i DNK analizu, tim je rekao kako su 85 posto sigurni u svoja otkrića.
U godinama nakon ponovnog otkrića Caravaggia, znanstvenici su predložili mnoštvo objašnjenja za njegovu smrt u dobi od 38 godina: Ubrzo nakon objave 2010. godine, Guardianov Tom Kington izvijestio je da će slikara vjerojatno razbjesniti boje za ispiranje olova, koje su radile u zajedno s zaraženim ranama i sunčanim udarom kako bi ga završio. 2012. godine Telegraph 's Squires detaljno je opisao novu teoriju koja je pokazivala da su Caravaggio ubili Malteški vitezovi nakon što su napali jednog od članova grupe.
Najnovija studija donosi još jednu hipotezu o mješavini, nadograđujući se na ozloglašeni Caravaggio temperament - i niz pripovijedajućih genetskih tragova - pripisujući umjetnikovu smrt ozljedi nanesenoj tijekom jedne od njegovih mnogih uličnih svađa. Ova borba, koja je pokrenula infekciju stafilom, sepsom i, konačno, smrt, navodno se dogodila između mjesec dana i 15 dana prije nego što su se pojavili prvi znakovi kobne groznice.
Ipak, neki učenjaci ostaju neuvjereni. Kao kustos muzeja Jacquemart-André Pierre Curie za El País Vicente kaže: "U budućnosti će biti još [istraga] jer o njegovom životu ne znamo puno. Caravaggio je lik koji nam bježi. A možda je tako i bolje, jer to nam omogućuje projiciranje onoga što želimo u radu ovog velikog slikara. "
